Михаил Иванович родился в г. Кушве Свердловской области в семье рабочих. Окончив в 1953 г. фельдшерскую школу, поступил на педиатрический факультет 2–го Московского медицинского института им. Н.И. Пирогова. Благодаря тому, что Михаил Иванович являлся талантливым студентом и сталинским стипендиатом, его направили продолжать обучение на медицинском факультете Карлова университета в г. Прагу. Уже в студенческие годы он начал увлекаться эндокринологией, посещал научный кружок под руководством известного профессора–эндокринолога доктора Харвата, вел переписку с профессором Н.А. Ше­ре­шевским, обсуждая перспективы своей дальнейшей научной практики и работы. Начав самостоятельную врачебную деятельность на Камчатке в Мильковской районной больнице, свою первую научную работу он посвятил изучению влияния внешней среды на функцию щитовидной железы у жителей долины реки Камчатка. Эта работа закончилась блестящим докладом на конференции врачей Дальнего Востока и Сибири в 1961 г., итогом которого стало возвращение в Москву, где трудовая деятельность Михаила Ивановича до 1966 г. продолжалась во Всесоюзном институте экспериментальной эндокринологии под руководством профессора Е.А. Васюковой. Этот период знаменателен также совместной работой Михаила Ивановича с профессором Ю.Н. Касаткиным, зав. кафедрой радиологии.
Результатом многочисленных экспериментов стала разработка и внедрение профессором М.И. Балаболкиным радиоиммунологического метода определения гормона роста человека в сыворотке крови, что явилось прорывом для науки в СССР и открыло новые возможности в диагностике и лечении больных с нарушением функции гипофиза. После защиты диссертации на соискание ученой степени кандидата медицинских наук Михаил Иванович был направлен на службу в Минздрав СССР, а по окончании работы над докторской диссертацией его перевели на должность Советника по медицине в Постоянное представительство СССР при ООН. Одним из важнейших достижений трудовой и научной деятельности Михаила Ивановича является организация им по возвращении на Родину первой в СССР кафедры эндокринологии Московского стоматологического института им. Н.А. Семашко, которую он возглавлял с 1979 по 1990 г. Позднее он принял руководство кафедрой эндокринологии ФППО Московской медицинской академии им. И.М. Се­че­нова. В 1990 г. М.И. Балаболкин был избран на должность директора Института диабета ЭЦ РАМН, которым руководил в течение 16 лет, и являлся главным специалистом–диабетологом Мини­стер­ства здравоохранения.
В кругу его многочисленных научных интересов были вопросы, связанные с заболеваниями щитовидной железы, гипоталамо–гипофизарной системы, а также с сахарным диабетом и его осложнениями. Более 600 научных статей, 30 монографий, руководств и учебных пособий стали результатом его многолетней научной работы и отражением поистине энциклопедических знаний. Среди его работ следует особо отметить первые в России учебники «Эндокринология», «Диа­бе­тология», «Дифференциальная диагностика и лечение эндокринных заболеваний», «Лече­ние сахарного диабета и его осложнений» и «Фундаментальная и клиническая тироидология». Разра­ботка, внедрение и успешная работа Федеральной программы «Сахарный диабет» также является одной из важнейших заслуг М.И. Балаболкина в качестве ученого.
Несколько поколений эндокринологов прошли подготовку под руководством профессора М.И. Балаболкина. Его ученики возглавляют кафедры эндокринологии и ведущие медицинские учреждения по всей стране.
Жизненный путь, который прошел Михаил Иванович, сочетает в себе необычайное трудолюбие, огромный интеллектуальный потенциал и знания, иногда опережающие знания эндокринологического научного сообщества страны, и является примером беззаветного служения любимому делу на благо всех, кто нуждался в помощи и знаниях выдающегося ученого и доброжелательного, великодушного и оптимистичного человека.