27
лет
предоставляем актуальную медицинскую информацию от ведущих специалистов, помогая врачам в ежедневной работе
27
лет
предоставляем актуальную медицинскую информацию от ведущих специалистов, помогая врачам в ежедневной работе
27
лет
предоставляем актуальную медицинскую информацию от ведущих специалистов, помогая врачам в ежедневной работе
Анализ результатов многолетнего массового скрининга мутаций в генах BRCA1/2 у больных с различными типами злокачественных новообразований
1
ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России, Москва, Россия
2
НОЧУ «МИПМО», Москва, Россия

Введение: герминальные мутации в генах BRCA1 и BRCA2 (BRCA1/2) ассоциированы с высоким риском развития рака различных локализаций. В настоящее время определение BRCA-статуса у таких больных важно для выбора тактики хирургического лечения и выявления показаний к назначению ряда химиотерапевтических препаратов.

Цель исследования: оценка результатов массового генетического скрининга мутаций в генах BRCA1/2 у больных с различными типами злокачественных новообразований (ЗНО).

Материал и методы: проанализированы результаты генетического скрининга 5043 пациентов, проходивших лечение с диагнозами: рак молочной железы (РМЖ; n=4216), рак яичников (РЯ; n=481), первично-множественные ЗНО (ПМЗНО; n=174), рак поджелудочной железы (РподЖ; n=96) и рак предстательной железы (РпредЖ; n=75). Всем больным выполнена ДНК-диагностика 8 повторяющихся в российской популяции мутаций в генах BRCA1/2. Исследование всей кодирующей последовательности генов BRCA1/2 выполнено у 655 больных, негативных по мутациям скрининга, с использованием методов анализа кривых плавления с высоким разрешением, секвенирования по Сэнгеру, а также массового параллельного секвенирования.

Результаты и обсуждение: среди 5043 больных ЗНО суммарная частота BRCA-мутаций составила 8%. У пациентов с РМЖ частота повторяющихся вариантов составила 6,7%, при двухстороннем РМЖ (ДРМЖ) — 13,5%, в группе РЯ — 17%, в группе ПМЗНО — 13,1%, при РподЖ — 3,1%, среди больных РпредЖ мутаций выявлено не было. Частота мутации c.5266dup в гене BRCA1 составила 5,63%. Сорок девять (0,97%) пациентов являлись носителями другой характерной для славянских популяций мутации — p.C61G. Остальные варианты обнаруживались гораздо реже (0,1–0,38%).

При анализе кодирующей последовательности генов BRCA1/2 у 655 пациентов патогенные мутации (класс 5) были обнаружены в 13% случаев. Частота редких вариантов при РМЖ составила 11,1%, при ДРМЖ — 26,5%, при РЯ — 14,9%, при ПМЗНО — 31%, при РподЖ — 2,3%, при РпредЖ — 2,5%. В гене BRCA1 обнаружена 41 уникальная клинически значимая мутация, 4 из которых повторялись у неродственных больных. В гене BRCA2 обнаружены 29 уникальных клинически значимых мутаций, 5 из которых повторялись. Также были обнаружены 19 миссенс-мутаций, определяемых согласно базам данных как варианты с неизвестным клиническим значением (класс 3), которые были проанализированы с использованием 7 алгоритмов предсказания патогенности. В результате анализа 5 мутаций в большинстве алгоритмов были оценены как вероятно патогенные или патогенные (класс 4–5), 5 мутаций остаются вариантами с неизвестным значением, 9 вариантов определены как клинически незначимые.

Заключение: российская популяция характеризуется наличием ряда повторяющихся мутаций, при этом частота встречаемости c.5266dup и p.C61G среди больных разными типами ЗНО значительно превышает частоту других вариантов. Анализ повторяющихся вариантов в BRCA1/2 позволяет выявить примерно 80% носителей патогенных мутаций. Использование диагностической панели, включающей такие варианты, обеспечивает недорогой и чувствительный алгоритм первичного скрининга генов BRCA1/2. Последующее исследование всей кодирующей части генов (секвенирование) оправдано в исследованных группах пациентов и позволяет значительно повысить выявляемость патогенных мутаций в генах BRCA1/2.

Ключевые слова: мутации BRCA1, мутации BRCA2, рак молочной железы, рак яичников, злокачественные новообразования.

A.M. Stroganova1, N.I. Pospekhova1, D.A. Golovina1, I.S. Cherepanova2, S.L. Dranko1, M.G. Filippova1

1N.N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology, Moscow, Russian Federation

2International Institute of Postgraduate Medical Education, Moscow, Russian Federation

Background: germline mutations in the BRCA1 and BRCA2 genes are associated with a high risk of developing cancer of various localizations. Currently, the determination of BRCA status in such patients is important for choosing surgical tactics and determining indications for the administration of multiple chemotherapy drugs.

Aim: to evaluate the results of mass genetic screening for mutations in the BRCA1 and BRCA2 genes in patients with various types of malignant neoplasms (MN).

Patients and Methods: the results of genetic screening of 5043 patients who are reviewed in the study. The patients had the following diagnoses: breast cancer (BC, n=4216), ovarian cancer (OC, n=481), multiple primary malignant neoplasms (n=174), pancreatic cancer (n=96) and prostate cancer (n=75). Real-time PCR-based genetic testing for eight recurrent BRCA1/2 gene mutations specific for the Russian population was performed for all patients. The study of the entire coding sequence of the BRCA1/2 genes was carried out in 655 patients with negative screening results for mutations using high-resolution melting curve analysis, Sanger sequencing, and massively parallel sequencing.

Results and Discussion: among 5043 cancer patients, the total frequency of BRCA mutations was 8%. In patients with BC the recurrent variants accounted for 6.7%, bilateral BC — 13.5%, OC — 17%, multiple primary malignant neoplasms (MPMN) — 13.1%, pancreatic cancer — 3.1%, while in patients with prostate cancer no mutations were found. The frequency of the c.5266dup mutation in the BRCA1 gene was 5.63%. Forty nine patients (0.97%) were carriers of another mutation — p.C61G, which is specific for the Slavic populations. Other variants were found much less frequently (0.1–0.38%). Thus, screening for common mutations helped to determine the prevalence of each of the variants and proved a high frequency of c.5266dup and p.C61G mutations. The analysis of the coding sequence of the BRCA1/2 genes in 655 patients revealed pathogenic mutations (class 5) in 13% of cases. The prevalence of rare variants in patients with BC was 11.1%, bilateral BC — 26.5%, OC — 14.9%, МPМN — 31%, pancreatic cancer — 2.3%, and prostate cancer — 2.5%. In the BRCA1 gene, 41 unique clinically significant mutations were found, and four of them were repeated in unrelated patients. In the BRCA2 gene, 29 unique clinically significant mutations were found, five of which were repeated. Moreover, 19 missense mutations were detected which, according to the databases, were categorized as variants with unknown clinical significance (class 3). They were analyzed using seven pathogenicity prediction algorithms. As a result, five mutations were interpreted by the most algorithms as likely pathogenic or pathogenic (class 4/5), five mutations were re-assessed as variants with unknown significance, and nine variants were identified as clinically insignificant.

Conclusion: thus, the Russian population is characterized by the presence of multiple recurrent mutations, while in patients with different cancer types the prevalence of c.5266dup and p.C61G is significantly higher than the prevalence of other variants. Analysis of recurrent variants in the BRCA1/2 genes enables identification of approx. 80% of carriers of the pathogenic mutations. The use of the panel kit which includes such variants is considered as an inexpensive and sensitive algorithm for the first-step screening of the BRCA1/2 genes. A follow-on investigation of all coding gene regions (sequencing) is feasible for the studied patient groups and can significantly increase the detectability of pathogenic mutations in the BRCA1/2 genes.

Keywords: BRCA1 mutations, BRCA2 mutations, breast cancer, ovarian cancer, malignant neoplasms.

For citation: Stroganova A.M., Pospekhova N.I., Golovina D.A. et al. Review of the results of mass screening for the BRCA1/2 gene mutations in patients with different types of malignant neoplasms. Russian Medical Inquiry. 2022;6(6):297–308 (in Russ.). DOI: 10.32364/2587-6821-2022-6-6-297-308.

Для цитирования: Строганова А.М., Поспехова Н.И., Головина Д.А. и др. Анализ результатов многолетнего массового скрининга мутаций в генах BRCA1/2 у больных с различными типами злокачественных новообразований. РМЖ. Медицинское обозрение. 2022;6(6):297-308. DOI: 10.32364/2587-6821-2022-6-6-297-308.

Введение

Наследственные мутации в генах BRCA1 и BRCA2 (BRCA1/2) увеличивают риск развития рака различных локализаций. Наиболее значительно — на 60–80% — возрастает риск развития одно- и двухстороннего рака молочной железы (РМЖ) и рака яичников (РЯ) — примерно на 20–50% [1, 2]. Также у носителей BRCA-мутаций повышен риск развития рака предстательной железы (РпредЖ), рака поджелудочной железы (РподЖ), желудка и других вторых первичных опухолей. В то же время определение BRCA-статуса у больных злокачественными новообразованиями (ЗНО) играет важную роль для выбора тактики хирургического лечения и профилактики, а также выявления показаний для назначения таких таргетных препаратов, как PARP-ингибиторы, поскольку опухоли, ассоциированные с BRCA-мутацией, высокочувствительны к PARP-ингибиторам и препаратам платины [3].

Интенсивные исследования мутаций в генах BRCA1/2 в российской популяции больных РМЖ и/или РЯ начались в 1996 г. В результате этих работ были идентифицированы частые мутации: в BRCA1 — c.5266dup (5382inC), c.181T>G (300T>G), c.68_69del (185delAG), c.4035delA (4154delA), c.1961del (2080delA), c.3700_3704del (3819del5), c.3755_3758del (3875del4); в BRCA2 — c.5946del (6174delT) [4–6]. Выявление повторяющихся в российской популяции мутаций позволило создать диагностическую панель для первичного генетического скрининга пациентов. Однако повторяющиеся мутации в гене BRCA1 покрывают примерно 70–80% всех мутаций [4–6], а ген BRCA2 характеризуется широким разнообразием различных мутаций, и единственная мутация c.5946del (6174delT) может быть отнесена к частым. При отсутствии у пациента с РМЖ, РЯ, РподЖ или РпредЖ частой мутации очевидна необходимость изучения полной кодирующей последовательности обоих генов, особенно при подозрении на наследственный характер заболевания.

Цель исследования: оценка результатов массового скрининга пациентов с различными типами ЗНО с использованием панели первичного генетического скрининга и полного анализа кодирующей последовательности генов BRCA1 и BRCA2.

Материал и методы

В настоящее исследование включены результаты молекулярно-генетического тестирования 5043 пациентов, проходивших лечение в ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России в период с 2018 по 2021 г. Среди обследованных было 4050 больных РМЖ, 166 — двухсторонним РМЖ (ДРМЖ), 481 — РЯ, 175 — первично-множественными злокачественными новообразованиями (ПМЗНО), одним из которых был РМЖ, РЯ или РподЖ, 96 — РподЖ, 75 — РпредЖ.

Всем пациентам было проведено молекулярно-генетическое исследование носительства частых герминальных мутаций в гене BRCA1 — c.68_69del, c.1961del, c.3700_3704del, c.3755_3758del, c.4035del, c.5266dup, р.C61G и в гене BRCA2 — c.5946del. ДНК-диагностика проводилась на образцах периферической крови методом ПЦР в реальном времени с использованием набора реагентов «ОнкоГенетика BRCA» («ДНК-технология», Россия) по инструкции производителя.

Исследование всей кодирующей нуклеотидной последовательности генов BRCA1/2 выполнено у 655 больных, из них: 379 — с РМЖ, 49 — с ДРМЖ, 101 — с РЯ, 42 — с ПМЗНО, 44 — с РподЖ и 40 — с РпредЖ. Шестьсот двадцать образцов периферической крови пациентов исследовали с использованием метода анализа кривых плавления с высоким разрешением (HRM-анализ, High Resolution Melting). Для охвата всей кодирующей области и сайтов сплайсинга генов BRCA1/2 было использовано 84 пары праймеров. ПЦР в реальном времени проводили на ПЦР-анализаторе LightCycler 480 (Roche) с использованием интеркалирующего красителя EvaGreen. Все анализируемые фрагменты, отличающиеся от нормализованной кривой плавления, верифицировали методом секвенирования по Сэнгеру на генетическом анализаторе GenomeLab GeXP (Beckman Coulter). Тридцать пять образцов были проанализированы методом массового параллельного секвенирования на генетическом анализаторе GeneReader (Quagen) с использованием панели GeneRead QIAact BRCA1/2 Panel по инструкции производителя.

Выявленные варианты генов были обозначены согласно номенклатуре, представленной в рекомендациях Human Genome Variation Society (HGVS) [7]. Использовали референсную последовательность транскриптов BRCA1 (NM_007294.3) и BRCA2 (NM_000059.3).

Для интерпретации обнаруженных вариантов использовали базы данных dbSNP (The Single Nucleotide Polymorphism database) и ClinVar (Clinical Variation). Функциональную значимость обнаруженных миссенс-вариантов оценивали с помощью программ предсказания патогенности PROVEAN (Protein Variation Effect Analyzer), SIFT (Sorting Intolerant from Tolerant), MutationAssessor, PolyPhen-2 (Polymorphism Phenotyping), FATHMM (Functional Analysis through Hidden Markov Models (v2.3), использовали 2 программных алгоритма) и Align-GVGD. Популяционную частоту аллелей оценивали с помощью баз данных проектов ExAC (Exome Aggregation Consortium), 1000G (1000 Genomes Project), The PAGE Study, TOPMed (Trans-Omics for Precision Medicine).

Все нуклеотидные варианты классифицировали по их патогенности согласно рекомендациям консорциума Enigma (Evidence-based Network for the Interpretation of Germline Mutant Alleles) [8]: класс 5 — патогенный (pathogenic); класс 4 — вероятно патогенный (likely pathogenic); класс 3 — неопределенного значения (uncertain significance); класс 2 — вероятно доброкачественный (likely benign); класс 1 — доброкачественный (benign).

Статистическую обработку данных проводили с использованием программного обеспечения «Медицинская статистика» (https://medstatistic.ru/calculators). Сравнение частот в разных группах выполняли при помощи двустороннего критерия Фишера и критерия χ2 с поправкой Йетса.


Результаты и обсуждение

Клиническая характеристика исследованной группы больных представлена в таблице 1.

Таблица 1. Клинико-генеалогическая характеристика больных Table 1. Clinical and genealogical characteristics of patients

Первоначально 5043 пациентам была проведена ДНК-диагностика распространенных в российской популяции мутаций. Было выявлено 403 (8%) пациента с наличием частой герминальной мутации. Среди пациентов с РМЖ частота повторяющихся вариантов составила 6,7% (272 из 4050), при ДРМЖ — 13,5% (23 из 170), в группе РЯ — 17% (82 из 481), в группе ПМЗНО — 13,1% (23 из 175), при РподЖ — 3,1% (3 из 96), среди больных РпредЖ мутаций выявлено не было. Частота повторяющихся мутаций в общей группе и в группах больных с различным диагнозом приведена в таблице 2.

Таблица 2. Частота повторяющихся мутаций в генах BRCA1/2 в обследованных группах больных Table 2. The prevalence of BRCA1/2 recurrent mutations in the studied patient groups

В настоящее время определение мутаций в генах BRCA1/2 с диагностическими и профилактическими целями приобрело в России широкое распространение. Особенностью российской популяции является значительное преобладание одной BRCA1-мутации — c.5266dup (5382delC). Эта мутация с эффектом основателя возникла 1500–1800 лет назад, вероятно, на северо-западной территории России [9]. В нашей выборке больных различными ЗНО выявлено 284 носителя c.5266dup, т. е. частота мутации составила 5,63%. Сорок девять (0,97%) пациентов являлись носителями другой характерной для славянских популяций мутации — p.C61G. Остальные варианты обнаруживались гораздо реже (0,10–0,38%). Схожие показатели встречаемости мутаций описаны в других полномасштабных российских исследованиях [10–12].

Всего же тестирование 8 частых мутаций позволило выявить 403 (8,0%) носителя мутации. Для разных ЗНО частота мутаций варьировала: от 3,1% при РподЖ и 6,7% при РМЖ до 17,0% при РЯ (РМЖ/РЯ: χ2=62,3, р<0,001). Подобные значения частот получены в российских исследованиях: среди 10 968 больных РМЖ и/или РЯ, протестированных в ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Петрова» Минздрава России, частота 4 мутаций (BRCA1: 5382insC, 4153delA, 185delAG; BRCA2: 6174delT) составила 6% [10], в ФГБУ «РНЦРР» Минздрава России при исследовании 3826 больных РМЖ мутации выявлены в 3,5% случаев [11] и в 3,8% (169 носителей из 4440 обследованных) случаев [12]. Таким образом, скрининговое тестирование частых мутаций в российской популяции позволило более точно определить частоту встречаемости каждой из них, что подтверждает высокую частоту мутаций c.5266dup и p.C61G.

Отметим, что среди 329 больных ЗНО с выявленной мутацией, которые прошли медико-генетическое консультирование, 40 (12,2%) человек не имели отягощенного онкологического семейного анамнеза, 12 (3,6%) из них на момент постановки диагноза были старше 50 лет. В случае РМЖ среди 230 носителей мутации было 29 (12,6%) пациентов без семейной истории, из которых старше 50 лет было 6 (2,6%) человек. При этом в нашем исследовании к отягощенному семейному анамнезу относили случаи наличия у кровных родственников таких ЗНО, как рак тела матки, рак толстой кишки, рак желудка, лимфома и ряд других, не соответствующих классическому определению наследственного РМЖ/РЯ. То есть существует определенная и не очень малая группа больных, которые, не имея клинических признаков наследственного заболевания РМЖ/РЯ, тем не менее являются носителями патогенной BRCA-мутации.

На втором этапе исследования был проведен анализ всей кодирующей последовательности генов BRCA1/2 у 655 пациентов. Патогенные мутации (класс 5), включающие делеции, вставки, дупликации, нонсенс-мутации и мутации сайта сплайсинга, а также 4 миссенс-мутации, относящиеся к клинически значимым мутациям согласно данным ClinVar и dbSNP, были обнаружены в 85 (13%) случаях. Данные о частотах патогенных вариантов в генах BRCA1/2 в разных группах больных представлены в таблице 3.

Таблица 3. Частота патогенных мутаций в генах BRCA1/2 в обследованных группах больных Table 3. The prevalence of BRCA1/2 pathogenic mutations in the studied patient groups

Частота встречаемости редких вариантов в гене BRCA1 несколько выше, чем в гене BRCA2, и составляет в суммарной выборке больных 7,3% и 5,7% соответственно. Однако в случае РЯ мутации обнаружены преимущественно в гене BRCA1 (13 из 15; 86,67%). При сравнении частот встречаемости вариантов в разных генах между группами РМЖ и РЯ, а также ДРМЖ и РЯ различия статистически значимы (p<0,05, F=0,0154 и p<0,05, F=0,0163 соответственно).

В гене BRCA1 обнаружена 41 уникальная клинически значимая мутация, 4 из которых повторялись. Делеция c.1510del встретилась у 4 неродственных пациентов, миссенс-вариант p.Ser1715Arg — у 3, а c.843_846del и p.Gln563Ter повторились дважды (табл. 4).

Таблица 4. Характеристика редких патогенных мутаций в гене BRCA1 Table 4. Characteristics of rare pathogenic mutations in the BRCA1 gene

Окончание таблицы 4 Table 4 (continued)

В гене BRCA2 обнаружены 29 уникальных клинически значимых мутаций, 5 из которых повторялись. Делеция c.2808_2811del встретилась у 4 неродственных пациентов, мутация сайта сплайсинга c.9117 G>A — у 3 больных, c.2653_2656del, p.Ile2627Phe и c.9097del повторились дважды (табл. 5).

Таблица 5. Характеристика редких патогенных мутаций в гене BRCA2 Table 5. Characteristics of rare pathogenic mutations in the BRCA2 gene


Наиболее частым типом мутаций в обоих генах были делеции, которые составили 48,8% в гене BRCA1 и 44,8% в гене BRCA2, а также нонсенс-мутации, обнаруженные в 22% и 24,1% соответственно.

Примерами фенотипического проявления редких мутаций в гене BRCA2 являются родословные семей Л. и К. В родословной семьи Л. мутация p.Leu2092Profs манифестировала у пациента с РпредЖ в молодом возрасте (46 лет), к моменту выявления мутации процесс имел распространенный характер и, несмотря на назначение олапариба, спустя 8 мес. пациент умер. Через 3 года РМЖ (тройной негативный фенотип) был диагностирован у его сестры. В процессе обследования была выявлена аналогичная мутация в гене BRCA2 и проведено комплексное лечение, включая профилактическую мастэктомию контралатеральной молочной железы с реконструкцией. В настоящее время пациентка находится под динамическим наблюдением, учитывая ее желание, планируется выполнение профилактической сальпингоовариоэктомии (рис. 1).

Рис. 1. Родословная семьи Л. c редкой мутацией в гене BRCA2 Fig. 1. Pedigree of the family L. with a rare BRCA2 mutation

В родословной семьи К. редкая мутация в гене BRCA2 была выявлена у пациентки с диагнозом РподЖ. Надо отметить, что ни по возрасту манифестации (63 года), ни по семейному анамнезу пациентка не соответствовала показаниям для молекулярно-генетического тестирования генов BRCA1/2, выполненного в рамках научного исследования, в котором тестировали всех пациентов с данным диагнозом (рис. 2).

Рис. 2. Родословная семьи К. с редкой мутацией в гене BRCA2 Fig. 2. Pedigree of the family K. with a rare BRCA2 mutation

Таким образом, расширенная ДНК-диагностика генов позволила выявить 70 уникальных мутаций (41 BRCA1 и 29 BRCA2), 9 из которых повторялись у неродственных больных. Частота мутации c.1510del в гене BRCA1 и мутации c.2808_2811del в гене BRCA2 в нашей выборке составила 0,61%, что превышает частоты встречаемости 6 частых мутаций, за исключением c.5266dup и p.C61G. Мутация с.1510del (BRCA1) с частотой 0,34% (1/290) описана в работе Е.И. Новиковой и соавт. [12]. В исследованной группе больных РМЖ/РЯ в Чехии ее частота составила 0,1% (7 семей из 7400) [13], в польско-украинской выборке — 0,22% (1/460) [14]. Что касается повторяющейся мутации c.2808_2811del в BRCA2 (описывается также как c.2806_2809delAAAC), то она обнаружена в исследованиях А. Соколенко и соавт. [10] (частота 0,25%), в Чехии (частота 0,35%) [13], в польской выборке (частота 0,1%) [15]. Эта мутация встречается также в европейских популяциях и не имеет эффекта основателя, располагаясь в «горячей точке» гена (hot spot) [16]. Частоты новых повторяющихся вариантов в славянских выборках больных (при отсутствии распространенных мутаций) представлены в таблице 6.

Таблица 6. Частота (в %) новых повторяющихся BRCA-мутаций в различных исследованиях Table 6. Frequency (in %) of new repeated BRCA mutations in various studies

Проведенный анализ наличия в российской популяции новых вариантов генов BRCA позволил выявить 8 мутаций, частота встречаемости которых сопоставима с частотами мутаций c.68_69del, c.1961del, c.3700_3704del, c.4035del и превышает частоту мутаций c.3755_3758del (BRCA1), c.5946del (BRCA2), составляя 0,26–0,31% (в таблице 6 выделены жирным шрифтом).

Также у 19 (2,9%) пациентов были обнаружены гетерозиготные варианты (в основном миссенс-мутации), встречающиеся c низкой частотой или незарегистрированные в общепопуляционных базах данных (табл. 7). Согласно результатам баз данных ClinVar и dbSNP большая часть этих мутаций определяется как вариант с неизвестным клиническим значением (класс 3), в ряде случаев интерпретация значимости носит противоречивый характер.

Таблица 7. Характеристика редких BRCA-мутаций с неизвестным значением Table 7. Characteristics of rare BRCA mutations with unknown significance

Окончание таблицы 7 Table 7 (continued)

Все миссенс-мутации в генах BRCA1/2 с неизвестным клиническим значением были проанализированы с использованием 7 алгоритмов предсказания патогенности. В результате анализа 3 мутации в BRCA1 и 2 мутации в BRCA2 по большинству алгоритмов были оценены как вероятно патогенные или патогенные (класс 4–5), 5 мутаций остаются вариантами с неизвестным значением, 9 вариантов определены как клинически незначимые (табл. 8).

Таблица 8. Результаты анализа функциональной значимости выявленных миссенс-мутаций в генах BRCA1/2 Table 8. Results of the analysis of functional significance of the identified missense mutations in the BRCA1/2 genes

В работе [13] мутация p.Cys24Tyr в гене BRCA1 также отнесена к классу 4, патогенность мутации p.His2623Arg в гене BRCA2 подтверждена в ряде исследований [17, 18]. Вариант p.Glu2918Val (BRCA2) обнаружен у 32-летнего пациента с РподЖ. Нуклеотидная замена c.8753A>T затрагивает канонический сайт сплайсинга, однако оценка влияния этой замены на процесс сплайсинга в настоящее время экспериментально не проведена. Экспериментальная оценка функциональной значимости мутаций p.Ser184Phe и p.Trp1718Arg (BRCA1) в настоящее время также не проведена.

Помимо вышеперечисленных вариантов мутаций в генах BRCA1/2 были обнаружены известные частые или редкие миссенс-мутации, которые в настоящее время, согласно результатам баз данных ClinVar, BIC database и Ensembl, являются непатогенными и не имеющими клинического значения (класс 1–2) (табл. 9).

Таблица 9. Характеристика доброкачественных миссенс-мутаций в генах BRCA1/2 Table 9. Characteristics of benign BRCA1/2 missense mutations

Основываясь на полученных нами данных и анализе источников литературы, посвященных аналогичной теме, мы предлагаем следующий возможный алгоритм ДНК-диагностики мутаций в генах BRCA1/2.

Первый этап: тестирование двух частых BRCA1-мутаций c.5266dupC и p.C61G у всех больных РМЖ, РЯ, ПМЗНО вне зависимости от семейного анамнеза, возраста и национальности. Мы показали, что 12–13% больных не имеют отягощенного семейного анамнеза, и больные с возрастом манифестации старше 50 лет могут быть носителями мутации. Хотя мутации c.5266dupC и p.C61G имеют славянское происхождение, они широко распространены в стране и обнаруживаются у пациентов иных национальностей. Такой тест дает возможность выявлять значительную часть носителей BRCA1-мутаций при низкой стоимости и малой трудоемкости исследования.

Второй этап: тестирование других часто встречающихся мутаций. К таким можно отнести следующие: в BRCA1— c.68_69del (185delAG), c.4035del (4154delA), c.1961del (2080delA), c.3700_3704del (3819del5), c.1510del, p.Gln563Ter, p.Arg1563Ter; в BRCA2 — c.2808_2811del, c.2653_2656del, p.Ile2627Phe, c.9117G>A (р.Pro3039Pro), p.Arg2336His. Диагностика 12 мутаций позволит выявить еще примерно 4–5% носителей, а стоимость и трудоемкость анализа также невелики.

Третий этап: поиск мутаций в генах методом массового параллельного секвенирования. Ввиду высокой в настоящее время стоимости такого исследования, в рамках ОМС показанием к его назначению служат клинические признаки наследственного заболевания.

Заключение

Таким образом, в российской популяции выявлены повторяющиеся мутации, возникновение которых в большинстве случаев связано, вероятно, с эффектом основателя. Преобладание варианта c.5266dupC в гене BRCA1 среди больных РМЖ и/или РЯ является особенностью российской популяции. Обнаружение новых повторяющихся мутаций в обоих генах может способствовать созданию расширенной диагностической панели для тестирования этих вариантов. Результаты демонстрируют, что в Российской Федерации поиск мутаций в генах BRCA1/2 может проводиться в несколько этапов, когда NGS выполняется при отсутствии у пациента мутации с эффектом основателя.


 Сведения об авторах:

Строганова Анна Михайловна — к.м.н., заведующая молекулярно-биологической лабораторией ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России; 115478, Россия, г. Москва, Каширское ш., д. 23; ORCID iD 0000-0002-7297-5240.

Поспехова Наталья Ивановна — д.б.н., старший научный сотрудник молекулярно-биологической лаборатории ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России; 115478, Россия, г. Москва, Каширское ш., д. 23; ORCID iD 0000-0001-5255-5065.

Головина Дарья Андреевна — к.б.н., научный сотрудник молекулярно-биологической лаборатории ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России; 115478, Россия, г. Москва, Каширское ш., д. 23.

Черепанова Изольда Семеновна — д.м.н., профессор, академик РАМТН, ректор НОЧУ «МИПМО»; 119415, Россия, г. Москва, ул. Лобачевского, д. 42, стр. 4.

Дранко Светлана Левоновна — врач — лабораторный генетик молекулярно-биологической лаборатории ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России; 115478, Россия, г. Москва, Каширское ш., д. 23; ORCID iD 0000-0003-3315-0817.

Филиппова Маргарита Геннадьевна — к.м.н., старший научный сотрудник научно-консультативного отделения ФГБУ «НМИЦ онкологии им. Н.Н. Блохина» Минздрава России; 115478, Россия, г. Москва, Каширское ш., д. 23; ORCID iD 0000-0002-1883-2214.

Контактная информация: Строганова Анна Михайловна, e-mail: stroganova_am@mail.ru.

Прозрачность финансовой деятельности: никто из авторов не имеет финансовой заинтересованности в представленных материалах или методах.

Конфликт интересов отсутствует.

Статья поступила 15.03.2022.

Поступила после рецензирования 07.04.2022.

Принята в печать 04.05.2022.

About the authors:

Anna M. Stroganova — C. Sc. (Med.), Head of the Molecular Biology Laboratory, N.N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology; 23, Kashirskoe road, Moscow, 115478, Russian Federation; ORCID iD 0000-0002-7297-5240.

Natal’ya I. Pospekhova — Dr. Sc. (Biol.), senior researcher of the Molecular Biology Laboratory, N.N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology; 23, Kashirskoe road, Moscow, 115478, Russian Federation; ORCID iD 0000-0001-5255-5065.

Dar’ya A. Golovina — C. Sc. (Biol.), researcher of the Molecular Biology Laboratory, N.N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology; 23, Kashirskoe road, Moscow, 115478, Russian Federation.

Izol’da S. Cherepanova — Dr. Sc. (Med.), Professor, RAMTS Academician, Rector of the International Institute of Postgraduate Medical Education; 42, Bldn. 4, Lobachevsky str., Moscow, 119415, Russian Federation.

Svetlana L. Dranko — physician — laboratory geneticist of the Molecular Biology Laboratory, N.N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology; 23, Kashirskoe road, Moscow, 115478, Russian Federation; ORCID iD 0000-0003-3315-0817.

Margarita G. Filippova — C. Sc. (Med.), senior researcher of the Scientific and Advisory Department, N.N. Blokhin National Medical Research Center of Oncology; 23, Kashirskoe road, Moscow, 115478, Russian Federation; ORCID iD 0000-0002-1883-2214.

Contact information: Anna M. Stroganova, e-mail: stroganova_am@mail.ru.

Financial Disclosure: no authors have a financial or property interest in any material or method mentioned.

There is no conflict of interests.

Received 15.03.2022.

Revised 07.04.2022.

Accepted 04.05.2022.

1. Antoniou A., Pharoah P., Narod S. et al. Breast and ovarian cancer risks to carriers of the BRCA1 5382insC and 185delAG and BRCA2 6174delT mutations: a combined analysis of 22 population based studies. J Med Genet. 2005;42(7):602–603. doi: org/10.1136/jmg.2004.024133.
2. Gronwald J., Huzarski T., Byrski B. et al. Cancer risks in first degree relatives of BRCA1 mutation carriers: effects of mutation and proband disease status. J Med Genet. 2006;43(5):424–428. DOI: 10.1136/jmg.2005.036921.
3. Kaufman B., Shapira-Frommer R., Schmutzler R. et al. Olaparib monotherapy in patients with advanced cancer and a germline BRCA1/2 mutation. J Clin Oncol. 2015;33(3):244–250. DOI: 10.1200/JCO.2014.56.2728.
4. Карпухин А.В., Логинова А.Н., Хомич Е.А., Поспехова Н.И. Наследственная предрасположенность к раку молочной железы. Медицинская генетика. 2002;1(6):254–261. [Karpukhin A.V., Loginova A.N., Khomich E.A., Pospekhova N.I. Hereditary predisposition to breast cancer. Medical genetics. 2002;1(6):254–261 (in Russ.)].
5. Поспехова Н.И., Логинова А.Н., Любченко Л.Н. и др. Гетерогенность семей с наследственной предрасположенностью к раку молочной железы по встречаемости мутаций в гене BRCA1. Медицинская генетика. 2003;2(11):459–463. [Pospekhova N.I., Loginova A.N., Lyubchenko L.N. et al. Heterogeneity of families with a hereditary predisposition to breast cancer by the occurrence of mutations in the BRCA1 gene. Medical genetics. 2003;2(11):459–463 (in Russ.)].
6. Loginova A., Pospekhova N., Lyubchenko L. et al. Spectrum of mutations in BRCA1 gene in hereditary forms of breast and ovarian cancer in Russian families. Bull Exp Biol Med. 2003;136(3):276–278. DOI: 10.1023/b:bebm.0000008982.21806.9b.
7. Den Dunnen J., Dalgleish R., Maglott D. et al. HGVS recommendations for the description of sequence variants: 2016 update. Hum Mutat. 2016;37(6):564–569. DOI: 10.1002/ humu.22981.
8. Enigma consortium.org. Evidence-based Network for the Interpretation of Germline Mutant Alleles: ENIGMA criteria. (Electronic resource.) URL: https://enigmaconsortium.org/library/general-documents/enigma-classification-criteria (access date: 10.02.2022).
9. Hamel N., Feng B., Foretova L. et al. On the origin and diffusion of BRCA1 c.5266dupC (5382insC) in European populations. Eur J Hum Genet. 2011;19(3):300–306. DOI: 10.1038/ejhg.2010.203.
10. Sokolenko A., Sokolova T., Ni V. et al. Frequency and spectrum of founder and non-founder BRCA1 and BRCA2 mutations in a large series of Russian breast cancer and ovarian cancer patients. Breast Cancer Res Treat. 2020;184(1):229–235. DOI: 10.1007/s10549-020-05827-8.
11. Снигирева Г.П., Румянцева В.А., Новикова Е.И. и др. Алгоритм молекулярно-генетического обследования для выявления наследственного BRCA-ассоциированного рака молочной железы. Альманах клинической медицины. 2019;47(1):54–65. DOI: 10.18786/2072-0505-2019-47-002. [Snigireva G.P., Rumyantseva V.A., Novikova E.I. et al. Algorithm of molecular genetic investigation to identify hereditary BRCA-associated breast cancer. Almanac of Clinical Medicine. 2019;47(1):54–65 (in Russ.)]. DOI: 10.18786/2072-0505-2019-47002.
12. Новикова Е.И., Кудинова Е.А., Боженко В.К., Солодкий В.А. Характеристика BRCA-ассоциированного рака молочной железы в российской популяции. Вестник РГМУ. 2021;1:26–32. DOI: 10.24075/vrgmu.2021.006. [Novikova E.I., Kudinova E.A., Bozhenko V.K., Solodkiy V.A. Characteristics of BRCA-associated breast cancer in the population of the russian federation. Bulletin of RSMU. 2021;1:26–32 (in Russ.)]. DOI: 10.24075/vrgmu.2021.006.
13. Machackova E., Claes K., Mikova M. et al. Twenty Years of BRCA1 and BRCA2 Molecular Analysis at MMCI — Current Developments for the Classification of Variants. Klin Onkol Summer. 2019;32(Sup2):51–71. DOI: 10.14735/amko2019S51.
14. Nguyen-Dumont T., Karpinski P., Sasiadek M. et al. Genetic testing in Poland and Ukraine: should comprehensive germline testing of BRCA1 and BRCA2 be recommended for women with breast and ovarian cancer? Genet Res (Camb). 2020;102:e6. DOI: 10.1017/S0016672320000075.
15. Cybulski C., Kluźniak W., Huzarski T. et al. The spectrum of mutations predisposing to familial breast cancer in Poland. Int J Cancer. 2019;145(12):3311–3320. DOI: 10.1002/ijc.32492.
16. Infante M., Durán M., Acedo A. et al. The highly prevalent BRCA2 mutation c.2808_2811del (3036delACAA) is located in a mutational hotspot and has multiple origins. Carcinogenesis. 2013;34(11):2505–2511. DOI: 10.1093/carcin/bgt272.
17. Guidugli L., Shimelis H., Masica D. et al. Assessment of the Clinical Relevance of BRCA2 Missense Variants by Functional and Computational Approaches. Am J Hum Genet. 2018;102(2):233–248. DOI: 10.1016/j.ajhg.2017.12.013.
18. Richardson M., Hu C., Lee K. et al. Strong functional data for pathogenicity or neutrality classify BRCA2 DNA-binding-domain variants of uncertain significance. Am J Hum Gen. 2021;108(3):458–468. DOI: 10.1016/j.ajhg.2021.02.005.
Лицензия Creative Commons
Контент доступен под лицензией Creative Commons «Attribution» («Атрибуция») 4.0 Всемирная.
Новости/Конференции
Все новости
Новости/Конференции
Все новости
Ближайшие конференции
Все мероприятия

Данный информационный сайт предназначен исключительно для медицинских, фармацевтических и иных работников системы здравоохранения.

Вся информация сайта www.rmj.ru (далее — Информация) может быть доступна исключительно для специалистов системы здравоохранения. В связи с этим для доступа к такой Информации от Вас требуется подтверждение Вашего статуса и факта наличия у Вас профессионального медицинского образования, а также того, что Вы являетесь действующим медицинским, фармацевтическим работником или иным соответствующим профессионалом, обладающим соответствующими знаниями и навыками в области медицины, фармацевтики, диагностики и здравоохранения РФ. Информация, содержащаяся на настоящем сайте, предназначена исключительно для ознакомления, носит научно-информационный характер и не должна расцениваться в качестве Информации рекламного характера для широкого круга лиц.

Информация не должна быть использована для замены непосредственной консультации с врачом и для принятия решения о применении продукции самостоятельно.

На основании вышесказанного, пожалуйста, подтвердите, что Вы являетесь действующим медицинским или фармацевтическим работником, либо иным работником системы здравоохранения.